Es una de las villas reales reorganizadas por Fernando II en el s. XII, que dota de fuero, territorio y fortifica, pasando a la Orden de Santiago con encomienda propia en 1229, al desaparecer la Orden , paso al poder real. Sede del arciprestazgo más meridional de la diócesis de Astorga, llegó a contar con un monasterio y diez parroquias, conservándose actualmente sólo la de Santa María. Debió su pasada grandeza a la existencia de las aguas remansadas del arroyo Salado, que distribuidas en multitud de meandros, hicieron un terreno pantanoso lleno de sal. La sal de estas salinas se ha explotado a través de la historia, dando lugar a grandes asentamientos de población. En un principio los primeros beneficiarios de la sal fueron pequeños propietarios libres, que la extraían, comercializaban y usaban, según sus necesidades.

 Seguidamente son los grandes monasterios de la zona los que se hacen dueños, y a partir de Alfonso VII serán los reyes los dueños de las salinas. Recordar que las salinas no se hallan sólo en el término de Villafáfila sino también en los pueblos próximos, y en la actualidad se las reconoce a todas con el nombre de "Lagunas de Villafáfila". Una villa medieval, situada a la orilla de la Salina Grande, da nombre a la comarca de la Lampreana, que se denominaba en alguna época.

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